По феноменалната играчка кариера, Вејн Руни никако не може да ја пронајде среќата во тренерската работа. Руни сезонава ја започна како тренер на Плимут, а денеска доби отказ.
Последниот пораз на Плимут од Оксфорд (2:0) беше 13-ти сезонава, што ја прели чашата и Руни ја загуби довербата кај челниците на клубот. Плимут е на последното место во Чемпионшип и е во опасност да испадне во трета лига.
Официјално се работи за меѓусебен раскин на договорот, но јасно е дека клубот му се заблагодарува на Руни за досегашната работа. Тренерската кариера на Руни започна во 2020 година и тоа додека уште беше фудбалер на Дерби каунти. Првата сезона се избори за опстанок во Чемпионшип, но во втората испадна од овој ранг на натпреварување. Тогап си поднесе оставка.
Во јуни 2022 година стана тренер на ДЦ Јунајтед во САД, а по само една година доби отказ. Во октомври 2023 година беше промовиран во тренер на Бирмингем, а веќе на 2 јануари доби отказ, откако имаше само две победи во 15 меча. Потоа застана на чело на Плимут за да 2024 година ја заврши со отказ и сега е слободен на пазарот.