Томас Милер уште како 11-годишно дете дојде во Баерн Минхен и речиси две децении е во германскиот гигант. Ги помина сите младински категории, играше за вториот тим на Баерн, а потоа во 2008 година дебитираше кај сениорите. Од тој момент, повеќе од 11 години е дел од Баерн, тимот со којшто ги освои сите најзначајни трофеи.
За Томас се велеше дека ќе биде еден од оние играчи кои целата кариера ќе ја посвети на еден клуб, но очигледно нема да биде така. Сезонава и е во немилост кај тренерот Нико Ковач, па затоа Томас најверојатно ќе бара да си замине, и тоа во јануарскиот преоден рок.
Угледниот весник „Кикер“ најавува дека Томас може да замине во Италија, и тоа во тимот на Интер, на којшто може да му треба играч како замена за повредениот Алекси Санчес. Милер сезонава одигра 12 меча за Баерн, но на повеќето влегуваше како резерва во второто полувреме, а сепак успеа да даде еден гол и има и шест асистенции, што доволно зборува дека нема многу загубено од формата.
